薄層色譜掃描儀是一種全波長掃描儀，提供波長200-800nm范圍的可選波長，通過檢測樣品對光的吸收強弱確定物質含量。該掃描儀也能檢測254nm或365nm紫外照射產生的熒光強度，從而進行特異性檢測。

 

　　傳統掃描儀的掃描方式分為:單光束掃描、雙光束掃描和雙波長掃描。

 

　　單光束掃描:采用單一光束(即單一波長掃描)，其結果就是上圖中一特定波長條件下的單條曲線。儀器結構簡單，但是基線不穩，實際中很少使用。

 

　　雙光束掃描:采用同一波長的兩個光束同步掃描，一個光束掃描樣品展開通道，另一個光束掃描樣品通道旁邊的空白區域，這樣就可扣除空白吸收，部分消除薄層板展開方向鋪板不均勻產生的誤差。但是無法消除垂至于展開方向鋪板不均勻產生的誤差。

 

　　雙波長掃描:兩個不同波長的光束交替掃描樣品展開的通道區域，波長選擇時，一個波長為樣品大吸收位置，另一是吸收極小值位置。如上圖所示，如檢測目標為3(則大吸收峰為290nm，極小值可選200nm、260nm或325nm)。這種方法可基本消除鋪板不均產生的誤差，因此掃描基線很穩定。

 

　　直線掃描:用可以覆蓋樣品展開通道的寬光束一次性掃完整個展開通道，即在展開方向上(圖中橫坐標)，每個點的數據只是一個掃描數據點。

 

　　鋸齒掃描:采用點狀光源，光點尺寸小于通道寬度，因此在展開方向移動到任何一點時，光源都要逐點沿樣品通道方向掃描，即形成"之"形(或鋸齒形掃描)。這樣，在展開方向上每一點的數據都是多個點掃描結果的累加值。鋸齒掃描的精度相對直線掃描明顯提高。